Mit den Förderzentren Max von der Grün-Schule und der Friholtschule kooperiert das Förderzentrum der Paulus-Paulsen-Schule eng und setzt die Aufgaben an den Flensburger Regelschulen gemeinsam um. In sonderpädagogischen Runden werden regelmäßig Absprachen getroffen und außerdem mit den Landesförderzentren kooperiert.