In allen Flensburger Gemeinschaftsschulen arbeiten Sonderschullehrkräfte präventiv und integrativ im Bereich Lernen und Emotionale und soziale Entwicklung in Kooperation mit den Regelschulen im gemeinsamen Unterricht oder besonderen Fördermaßnahmen zusammen.

An allen Gemeinschaftsschulen und Gymnasien ist eine Beratungslehrkraft des Zentrums für kooperative Erziehungshilfe als Ansprechpartner für Schülerinnen und Schüler, Eltern, Lehrkräfte sowie weitere Netzwerkpartner zuständig.

An der Kurt-Tucholsky-Schule, der Käte-Lassen-Schule und der Fridtjof-Nansen-Schule kooperieren das Förderzentrum der Paulus-Paulsen-Schule/ Zentrum für kooperative Erziehungshilfe und die Regelschulen in der Maßnahme der Übergangsklassen. Hier werden nach festen Strukturen Schülerinnen und Schüler in einer Kleingruppe besonders gefördert.